Symbolic Methods for Biological Networks (SYMBIONT)

Abstract

Details

Beschreibung

Die Modellierung der Dynamik und Interaktion von Netzwerken ist ein Schlüsselproblem der Systemmedizin und allgemeiner der Systembiologie. Derzeit angewandte Methoden haben Probleme wie Unbestimmtheit von Parametern, Instabilität und Wachstum mit der Dimension. Wir schlagen neue Methoden zur symbolischen Analyse vor, die diese Probleme vermeiden. Darüber hinaus fokussiert unsere neue Denkweise nicht auf einzelne Instanzen sondern auf Größenordnungen. Entsprechende Computeralgebra-Probleme sind NP-hart, aber Experimente weisen auf ihre Lösbarkeit für biologische Netzwerke hin. Wir haben bereits gezeigt, dass Komplexitätsparameter wie Baumbreite oder die Anzahl verschiedener metastabiler Regime in biologischen Datenbaken verfügbarer Modelle nur langsam mir der Größe wächst. Wir werden diese Beobachtung nutzen, um herausfordernde Probleme der Netzwerkanalyse zu lösen, wie etwa die Bestimmung von Parameterregionen für die Existenz und Stabilität von Attraktoren, Modellreduktion und hybride Netzwerkmodellierung.

 

 


Publikationen

 
 
Holger Fröhlich, Rudi Balling, Niko Beerenwinkel, O. Kohlbacher, Santosh Kumar, Thomas Lengauer, Marloes H. Mathuis, Yves Moreau, Susan A. Murphy, Teresa M. Przytycka, Michael Rebhan, Hannes Röst, Andreas Schuppert, Matthias Schwab, Rainer Spang, Daniel Stekhoven, Jimeng Sun, Andreas Weber, Daniel Ziemek und Blaz Zupan
In: BMC Medicine (2018)
 
 
Satya Samal, Jeyashree Krishnan, Christoph Lüders, Andreas Schuppert, Andreas Weber und Ovidiu Radulescu
International Conference on Systems Biology of Human Disease (SBHD), Heidelberg. Poster, 2017
 
 
Matthew England, Hassan Errami, Dima Grigoriev, Ovidiu Radulescu und Andreas Weber
In proceedings of Computer Algebra in Scientific Computing - 19th International Workshop (CASC 2017), Beijing, China, Springer, Sept. 2017
 
 
Russell Bradford, James Davenport, Matthew England, Hassan Errami, Vladimir P. Gerdt, Dima Grigoriev, Charles Hoyt, Marek Kosta, Ovidiu Radulescu, Thomas Sturm und Andreas Weber
In proceedings of Proceedings of the 42nd International Symposium on Symbolic and Algebraic Computation (ISSAC '17), Kaiserslautern, Germany, pages 45-52, ACM, Juli 2017
 
 
Satya Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev, Andreas Weber, Nathalie Thèret und Ovidiu Radulescu
In: Biosystems (Juli 2016)
 
 
Dima Grigoriev, Satya Samal, Sergey Vakulenko und Andreas Weber
In: Mathematical Modelling of Natural Phenomena (2015), 10:5(100-118)
 
Hassan Errami, Markus Eiswirth, Dima Grigoriev, Werner M. Seiler, Thomas Sturm und Andreas Weber
In: Journal of Computational Physics (2015), 291(279-302)
 
 
Olivier F. Roux und Jérémie Bourdon (Editoren)
Ovidiu Radulescu, Satya Samal, Aurélien Naldi, Dima Grigoriev und Andreas Weber
In proceedings of Computational Methods in Systems Biology - 13th International Conference (CMSB 2015), Nantes, France, pages 104-120, Springer, 2015
 
 
Satya Samal, Dima Grigoriev, Holger Fröhlich, Andreas Weber und Ovidiu Radulescu
In: Bulletin of Mathematical Biology (Dez. 2015), 77:12(2180-2211)
 
 
Satya Samal, Ovidiu Radulescu, Dima Grigoriev, Holger Fröhlich und Andreas Weber
In proceedings of 9th European Conference on Mathematical and Theoretical Biology, 2014
 
 
Francois Boulier, Anne J. Shiu, Thomas Sturm und Andreas Weber
In: Dagstuhl Reports; Schloss Dagstuhl--Leibniz-Zentrum fuer Informatik (2013), 2:11
 
Hassan Errami, Markus Eiswirth, Dima Grigoriev, W. M. Seiler, Thomas Sturm und Andreas Weber
In proceedings of Computer Algebra in Scientific Computing - 15th International Workshop (CASC 2013), Berlin, Germany, Springer, Sept. 2013